Atualmente, a Doença de Chagas e as Leishmanioses fazem parte das doenças endêmicas parasitárias reconhecidas como prioritárias pela Organização Mundial de Saúde e representam grave problema de saúde pública, afetando vários países da América Latina, principalmente o Brasil. Em relação às opções de tratamento, os fármacos atualmente considerados como primeira escolha no tratamento das Leishmanioses e Doença de Chagas estão longe de serem satisfatórios, apresentando limitações devido à baixa efetividade, alta toxicidade, longos esquemas terapêuticos e aparecimento de cepas resistentes. Dessa forma, a busca por novos fármacos mais efetivos e seletivos para tratamento dessas doenças é mandatória. A presente proposta visa desenvolver novas substâncias bioativas para tratamento dessas doenças negligenciadas, utilizando como protótipos substâncias de quatro classes químicas distintas (pirazinilpiperazinas, sulfonilpiperazinas, indóis e isoquinolinas) com atividade antiparasitária previamente identificada por nossos grupos de pesquisa ou reportadas na literatura a partir de triagens automatizadas de compostos de grandes indústrias farmacêuticas. Nesse contexto, serão propostas modificações moleculares nas estruturas químicas desses protótipos para otimização da atividade biológica e/ou propriedades físico-químicas e farmacocinéticas, e avaliação de suas atividades tripanocida e leishmanicida in vitro. Estudos in silico para predição das propriedades físico-químicas, farmacocinéticas e toxicidade, além da predição de seu alvo molecular e mecanismo de ação, serão realizados para as substâncias mais promissoras. Adicionalmente, estudos em modelos animais experimentalmente infectados com L. (L.) infantum ou T. cruzi serão conduzidos para os compostos mais promissores (IC50 < 5 uM e IS > 50).