A estrutura proteica dos vírus da Dengue (VDEN), Chikungunya (CHIKV) e Zika serão investigadas durante uma trajetória de dinâmica clássica na presença de epítopos. As estruturas moleculares dos epítopos serão previstas por algoritmos em linguagem de programação ou, por servidores online tais como, ElliPro, o Epitopia e o DiscoTope. Diversos sistemas moleculares contendo o VDEN e cada uma das estruturas moleculares de epítopo serão preparados para cálculos de docking e dinâmica molecular (DM). O objetivo é avaliar o comportamento da densidade de carga dos vírus na presença dos epítopos a medidas que os mesmos se aproximem ou afastem de um determinado sítio de ligação. Para isso, será utilizada a dinâmica clássica direcionada, do inglês Steered Molecular Dynamics (SMD). A aproximação dos grupos moleculares será monitorada para seleção das conformações representativas, as quais serão submetidas a cálculos mecânico-quânticos. Essa pesquisa contará com a colaboração de grupos de pesquisa da FIOCRUZ e também, do departamento de Biologia e Bioquímica da University of Houston sob coordenação do Prof. James M. Briggs. Ademais, espera-se que, protocolos computacionais sejam criados e figurem como ferramentas de investigação molecular efetivos da doença.
Situação: Em andamento Natureza: Projetos de pesquisa
Alunos envolvidos: Graduação (2)
Pesquisadores Estrangeiros: Prof. Dr. James Michael Briggs University of Houston TX USA e Dra. Iris Nira Smith e  Khushboo Singh